Durch Funde ist eine Besiedlung des Ortsgebiets in der Jungsteinzeit belegt. Urkundlich wurde die Kirche von Hoßkirch erstmals 1098 in einer Urkundes des Klosters Weingarten als Husechirche erwähnt. 1269 wurden der Siedlung durch den Weingartener Abt Hermann von Biechtenweiler die Stadtrechte verliehen. Die junge Stadt entwickelte sich jedoch aufgrund ungenügender Befestigung und Infrastruktur sowie durch die Nähe der Städte Pfullendorf und Saulgau nicht in der erhofften Weise zu einem städtischen Stützpunkt des Klosters in der Region, so dass bereits 1286 die Vogtei Hoßkirch von Rudolf von Habsburg an Ulrich von Königsegg verpfändet wurde. 1418 wurde der Ort mitsamt den bis dahin bestehenden zwei Stadttoren durch einen Brand völlig zerstört. Ab 1535 überließ das Kloster Weingarten den Grundbesitz Hoßkirch den Herren von Königsegg zunächst als Pfand, später verkaufte es den Ort an sie.

Hoßkirch ist Sitz der katholischen Pfarrei St. Petrus, die zum Dekanat Saulgau gehört.
Die evangelischen Christen in der Gemeinde gehören zur Kirchengemeinde Altshausen im Kirchenbezirk Biberach.